Величието на гробницата е в съзвучие с неговите имперски амбиции. Минават 40 години след смъртта му и чак тогава бива издигната гробницата. А посмъртното пренасяне на тленните му останки е доста мъчително преживяване.
Наполеон умира в изгнание през 1821 г. на остров „Света Елена”. Той бива погребан там. Разрешение останките му да бъдат върнати във Франция се придобива едва през 1840 г. Тялото му е положено във временна гробница. Луи Висконти проектира неговия изящен монумент и така в Дома на инвалидите се появява гробницата на Наполеон.
През 1840 г., крал Луи-Филип, отстъпвайки на натиска на бонапартистите, изпраща на острова, делегация за тялото на Наполеон. Двадесет години след рухването на Първата империя всички във Франция съжаляват за нейното могъщество, а Наполеон напомня за това величие. През 1833 г. статуята му отново е възстановена на Вандомската колона, а 3 години по-късно е вдигната Триумфалната арка. В парламента и монархисти, и републиканци, с възторг посрещат новината за фрегатата, изпратена за тленните останки. Тя пътува почти три месеца до острова.
/Дали от сухата вулканична почва или, че е намерен арсеник в тялото?/ Тялото му е непокътнато от времето, само шевовете на ботушите му са изгнили. От пристанището, където фрегатата акостира, до Париж, тленните останки са транспортирани по река Сена. Сутринта на 15 декември 1840 г. гърмят оръдейни салюти. На колесница, дълга 10 метра, теглена от 6 коня, е ковчегът. Камбаните на всички храмове непрекъснато бият, а войските на парижкия гарнизон придружават процесията, която преминава през Триумфалната арка, пресича площад „Конкорд“ и спира пред Дома на инвалидите в центъра.
Висконти се е надявал да използва порфир, подобен на камъка, използван в древните римски императорски гробници. Но тъй като този материал не е могъл да бъде намерен в достатъчни количества за гробницата на Наполеон, е предприето дълго и скъпо търсене на подобен камък. Едва през 1846 г. е открит подходящ заместител на брега на Онежкото езеро в Русия под формата на далеч по-плътен и по-стар камък от порфира – произходът му датира от появата на кислорода на земята. Купуването, транспортирането и издълбаването му обаче се оказват трудни. Материалът за направата на саркофага е от карелски порфир, подарен на Франция от руския император Николай I. Казват, при това той се пошегува, че в Русия за Наполеон камък винаги ще има.
В архитектурния план за гробницата на Наполеон, Висконти залага крипта без покрив, за да могат посетители да надникват към залата. Гробницата на Наполеон е проектирана така, че посетителите трябва да се поклонят, докато я гледат отгоре – символ на уважение към великия военачалник. Точно като фараон, Наполеон е положен във седем, разположени един в друг ковчега - калай, махагон, два цинкови и абанос.. Най-външният саркофаг е изработен от червен порфир и е положен върху зелен гранит. Около него в гробницата на Наполеон сред лаврови клонки са изписани най-важните му битки, а по подобен начин с 12 статуи са олицетворени неговите кампании.
Всъщност за изграждането на гробницата се обявява се конкурс. Липсата на официална програма остави участниците свободни да изберат една от трите възможности: поставяне на гробницата в криптата на мавзолея; изграждането ѝ до стена; или подравняването ѝ вертикално с купола. Подравнявайки го с входа на гробницата, архитектът разположил крайно пространство – избата или камерата с реликви – зад масивни ажурни врати. Това пространство, понякога наричано още „камера на меча“ или „реликварий“, съдържа статуя на Наполеон, държащ скиптър и кръстоцветен глобус, символ на неговия суверенитет. В краката на императора някои от личните му вещи – шапката, която е носил в битката при Ейлау, мечът, който е размахвал в Аустерлиц, и голямата яка на Почетния легион – били поставени върху червен кварцитен пиедестал, чиято олтарна форма им придавала свещен вид.
Вмъквайки работата си в съществуващата архитектура, Висконти комбинирал две отделни декоративни схеми – царска и божествена в горните части на сградата, имперска и светска в подземните зони – свързани от необароков балдахин, вдъхновен от този в „Свети Петър“ в Рим.
Законът, определящ бюджета за строителните работи, обобщава духа му: „Куполът на Дома на инвалидите ще бъде короната на гробницата [...]“. Паметникът не трябва да въвежда нито дразнещи, нито разминаващи се елементи в сградата на Мансар; не трябва да скрива никаква част от нея. Той има предимството да остави паметника на Луи XIV непокътнат, като същевременно създаде друг паметник, уникално посветен на Наполеон, в основата му.“ Замислен като истински път за посвещение, първоначалният – впоследствие опростен – дизайн на Висконти водел посетителя от конната статуя на Наполеон в центъра на двора до криптата през проход под църквата, разделен на три части, представящи последователно трио от бронзови плочи, напомнящи за военните събития на Първата република и Империята, следвани от гробниците на управителите на Дома на инвалидите и накрая, запомнящите се граждански събития по време на управлението на Наполеон. След завършването си криптата се състояла от амбулаторий, украсен с барелефи около централното пространство. Саркофагът на императора се намирал в последния, под купола, получавайки светлина от барабана и царствения декор, който го украсявал. Чрез този „погребален дворец“ архитектът възнамерявал да „подчертае всички аспекти на императорския епос и да придаде характер на велик исторически урок на гробницата“.
Петнадесетте стъпала, водят до монументалния вход, където има две канонични кралски фигури, Свети Луи (Луи IX Френски) отляво и Карл Велики отдясно. Присъствието на тези двама покровители на Короната има за цел да подчертае свещения характер
Върхът на външната структура на Църквата е купол; той наистина е като златна и синя корона, доминираща над покривите на Париж със слънчевото си сияние и небесно положение. Разделен е на дванадесет позлатени панела, украсени с бойни композиции от олово, възвеличаващи военната мощ на френската монархия
Датиращи от 1691 г., три вида композиции, всяка възпроизведена четири пъти, изобразяват Римската империя, Османската империя и Австрийската династия. Четири статуи на Добродетелите от позлатено олово допълват орнаменталната ѝ схема. Въпреки че изчезват по време на Френската революция, те са реконструирани през 1989 г. по случай петото позлатяване на купола. За това начинание са необходими петстотин и петдесет хиляди златни листа с дебелина 0,2 микрона и тегло 12,6 килограма.
Цилиндричният елемент на паметника служи за носене на тежестта на купола и има две нива, всяко с дванадесет прозореца с намаляващ размер. Първото ниво прозорци осветява картините на вътрешния купол. С много леко извити върхове, те са разделени от двойки вмъкнати или изпъкнали коринтски колони.Отгоре е балюстрада с осем обратни спирали, които смекчават издадените елементи отдолу и действат като опори за декоративните саксии* отгоре. Полукръглите прозорци осветяват стенописа на горния купол.
През 1929 г. е приет закон, който постановява, че „маршалите на Франция, генерал-офицери, които са упражнявали върховно командване или са командвали няколко дивизии или една дивизия по време на войната от 1914 до 1918 г., се погребват в Дома на инвалидите или по тяхно желание, изразено в завещателно разпореждане, или по искане на техните наследници“.
