Кремиковският манастир през вековете следва съдбата на жителите на Софийско. Манастирът е важен книжовен и културен център за населението от Софийско. През 16 век в килиите на манастира живее и работи поп Божко, който пише ”...Бързай, моя бедна душице! Бързай към знанието, към истината, към съвършенството”. Тук са се преписвали много богослужебни книги, а монасите са разбирали значението на манастира за опазване духовността на българите. Скоро след мъченическата смърт на св. Георги Софийски част от мощите му са пренесени и са се пазели в манастира, а по-късно са поставени в специално изработено сребърно ковчеже с надпис върху капака “Кремиковци, лето 1593, настоянием Теофана”, а отстрани на ковчежето – “Свети и многоцелебни мощи свети великомученика Георгия Нового, пострадавшего в Средец града болгарском. Соверших аз грешний Христо Димитров Куюмджи в лето 1804 више село Кремиковци при игумена Христофора.” В манастира те са се пазели повече от 300 години. Дървеният иконостас в малката църква е изработен през 17-18 век и е оценен като уникален паметник на културата. През 19 век реконструкциите в малката църква продължават. Украсените с резба тронове са изработени през 1814 година, а каменната настилка е поставена през 1824 г.
От манастирските сгради най-интересна е била едноетажната сграда на магерницата, строена през 17 век с останки от стара абсида и дървен изписан таван. За съжаление сградата е изгоряла през миналия век.
Както всички наши манастири, така и Кремиковският манастир е служил за убежище на родолюбиви българи през епохата на османското владичество. Тук се е укривал няколко дни вторият знаменосец от четата на Христо Ботев – Димитьр Стефанов - Казака от град Сливен. . След смъртта на Ботев и на първия знаменосец, знамето е отковано от дръжката си и по думите на Никола Обретенов “Сливенчето го запаса на кръста си и замина с Георги Апостолов из Балкана”. Димитър Казака е ранен, но успява заедно с други трима четници да се доберат до манастира, където магерът от Кремиковци Геко Палев го лекува и се грижи за тях няколко дни. Другите трима напускат манастира, остава само Димитър Казака. За съжаление турците научават, че в манастира се крие четник и искат предаването му. За да запази манастира игуменът хаджи Авксентий го снабдява с храна и го провожда до хралупа в гората. След няколко дни потерите на Малич Байрактар го откриват. Измъчват го жестоко, изгарят знамето, което откриват на кръста му и зверски го съсичат. Убит е през 1876 г. и на мястото на гибелта му през 1912 година е изграден паметник, обявен за паметник на културата.
След освобождението на България през 1879 година в манастира пристигат двадесетина монахини бежанки от Малешевско, които допринасят за оживлението и популярността на манастира. По това време до западната стена на магерницата е построена сграда за игуменките. През 1897 година Иван Вазов посещава манастира и пише един прекрасен пътепис за него. За своя голяма изненада открива, че манастирът вече е женски. Посрещат го приветливо множество млади и по-възрастни монахини и игуменката – “благолепна старица с дълга броеница и очила, сладкодумна и с благ характер”. Вазов вижда хубава черква, сграда с чардак и килии за сестрите, станове за тъкане, а в обора - волове, коне и манастирски файтон, но най-главното – “уред, чистота и прибраност”.
През 1901 година започва изграждането на нова голяма църква “Покров на Пресвета Богородица”. Тя е завършена през 1907 година. Иконостасът на голямата църква е с богато изработена дърворезба. Другите жилищни сгради са строени през трийсетте години на 20 век. До 1947 година в манастира живеят 32 монахини, занимаващи се със отглеждане на животни и земеделие. След това в сградите на манастира били настанени военни, а монахините били изпратени по други манастири. Осемнайсет години военните били тук. Замазани са с вар много от стенописите, част от сградите са унищожени от пожар, от библиотеката няма и следа. През шейсетте години на миналия век, военните си отиват и в манастира се връщат част от монахините. Една от тях била Иустина, която почти 60 години живеела и се грижила за манастира.
В Кремиковския манастир са се пазели много ценни реликви. Безспорно най-голям интерес буди Кремиковското евангелие. Това е ценен ръкопис, изписан по поръчка на Софийския митрополит Калевит през 1497 година. Подарено е от жителите на София Петко и Пейьо. То съдържа на 307 листа четирите евангелия. Изписано е много грижливо, с едър шрифт и красиви винетки и главни букви. Дълго време се ползва като богослужебно евангелие в Манастира. През 16 век му е направена сребърна обковка с позлата. На лицевата и на обратната страна е изобразена сцената Разпятието с фигурите на Христос, Богородица, Мария Магдалена, Йоан Богослов. Сега се съхранява в ЦИАМ в София.
Пак в предверието на източната стена над входа е изписан Св. Георги на трон и сцени от мъченичествата и чудесата на светеца. Запазени са Пророк Илия, св. Георги на кон, Йоан Предтеча и сцени от живота на Богородица. За съжаление изображенията по свода в основното помещение са почти напълно унищожени, останали са само някои фрагменти.
В предверието, на северната стена са изписани образите на ктиторите на църквата – Радивой, неговата жена и двете му деца – Тодор и Драгана. Радивой държи в ръцете си макета на църквата, който предава на митрополита. Отбелязано е, че двете му деца са починали и вероятно в тяхна памет боляринът е възстановил църквата.
