Германският манастир се намира в полите на Лозенската планина, над с.Герман, на 15 километра от София. От селото до манастира води около 5 км асфалтирано шосе. Германският манастир е един от най-старите манастири в България. Той е сред многото, които влизат в така наречената „Софийска Света гора“.
Историята му е обвита в легенди и предания, които разказват, че е основан през Х в. от цар Петър I. Според местните жители тук било второто място на отшелничество на св. Иван Рилски, небесен покровител на българите. Той живеел тук в колиба, преди да се оттегли в Рила планина. Оттогава хората много почитат мястото и го приемат за свято. Вероятно цар Петър именувал манастира на светеца, с когото много искал да се срещне. Според легендата, когато разбрал, че идват пратеници на царя да го отведат при него, светецът тръгнал нагоре по рекичката да се скрие в Лозен планина. Скоро ожаднял, спрял се да се помоли на Бога за вода, и на това място бликнало свещено изворче – аязмо с лековита вода.
Хората почитали аязмото на Св.Иван Рилски години наред и старците разказват, че на християнски празници свещеник освещавал чешмичката и хората си наливали осветена лечебна вода. През 60-те години на ХХ век, когато разрушават стария каптаж на манастира, за да построят нов, включват в него и водата от изворчето. Сега от чешмата под ореха в манастирския двор ден и нощ пее бистра, студена струйка.
За културната дейност, развивана в тази старина, свидетелстват няколко книжовни паметника. Единият е псалтир от края на XV в., издаден в Цетина. Това е един от малобройните славянски инкунабули (най-старите печатни книги), появили се между 1463 г. и 1500 г., след като Гутенберг създава печатната преса. В манастира имало богата библиотека с ценни старопечатни и ръкописни книги. През ХVІІ в. той е известен просветен център. В 1671 г. граматик Никола от софийското село Горни Лозен съставя и написва известния „Германски сборник”, съдържащ служби и жития на отшелниците св. Иван Рилски и св. Йоаким Осоговски.
Важен факт в историята на манастира е връзката му със Света гора. След Първата световна война България купува жито с пари на Зографския манастир в Атон. По-късно Андрей Ляпчев, премиер на България, връща дълга с осем манастирски имота, в това число и Германския манастир. Така през 1928 г. той е отреден за филиал на Зографски манастир, като игумен му е игуменът на Зограф. Затова периодично от Зографския манастир в Германския идват свещеници, в помощ на отеца тук, и в него се подготвят монаси за служба в Зограф.
Понастоящем Германския манастир е действащ и е обитаван само от един монах - Теодосий. Манастирът представлява комплекс от църква и една жилищна сграда. Днешната църква е издигната през 1886г. върху основите на стария храм и представлява еднокорабна, едноапсидна сграда, без купол и с притвор. Храмът е без стенописи, но притежава ценни икони, рисувани братята Никола и Иван Доспевски. Жилищните сгради в Германския манастир датират от 19 - 20в.
В светата обител през едно „блажено лято” на 30-те години на ХХ в. отседнал големият български писател Елин Пелин и написал сбирката от разкази „Под манастирската лоза”. Той посветил един от разказите на игумена йеромонах Сисой, с когото разговаряли за Бога и за света.
„Под манастирската лоза“ – така големият ни писател Елин Пелин е озаглавил цикъл от свои прекрасни разкази. Една част от тях той е написал тук, под манастирската лоза на Германския манастир „Св.Иван Рилски“. За други, от същия цикъл, пак тук са се родили идеи – в сладките приказки с приятелите му от ловната дружинка, в която е участвал и цар Борис III.Чешмата под лозата в Германския манастир се именува Ловджийската.
Дълги години в германския манастир не е имало духовно лице. Твърди се, че до 1981 тук се настанява УБО, а църквата си получава обратно имота чак през 1991година.
По време на социализма манастирът преминал под управление на Комитета за култура, а после и на Съюза на българските писатели. След дългогодишни спорове дали да се използва като музей, творческа база или нещо друго, портите на храма били заковани. За щастие, в началото на 80-те години на миналия век метохът е възстановен и оттогава е действащ. През 70-те години жилищният му фонд е изцяло преизграден. В Германския манастир се спазва строг светогорски монашески устав на богослужение и поведение.
Днес манастирският комплекс е много добре уреден и поддържан, има голям двор, потънал в зеленина. Манастирът е действащ, отворен е всеки ден за посетители и е един от най-посещаваните в Софийско. Обявен е за паметник на културата.